В сентябре 1941 г. Мерген Лиджинович был призван на фронт Калмыцким районным военкоматом Ростовской области и направлен сначала в полковую школу младших командиров, а затем на учебу в артиллерийское училище. После окончания училища был произведен в лейтенанты и 18 января 1943 г. прибыл на службу в 792-й артиллерийский полк 256‑й стрелковой (будущей Нарвской Краснознаменной) дивизии 2-й ударной армии Волховского фронта. В рядах этого полка М.Л. Кичиков провоевал всю войну (с февраля 1944 г. – в составе Ленинградского фронта, с августа 1944 г. – 2-го Прибалтийского), сначала командиром взвода разведки штабной батареи, затем командиром 5-й батареи. Он принимал участие в прорыве блокады Ленинграда, Мгинской операции, «Январском громе», освобождении Нарвы, боях на территории Латвии, под Лиепаей и Тукумсом, блокаде курляндской группировки. В 1944 г. 256-я дивизия дважды попадала в окружение, но смогла продержаться до подхода помощи. В период сражений Мерген Лиджинович был трижды ранен (27 августа 1943 г., 18 октября 1943 г. и 23 ноября 1944 г.), за отличия в боях награжден орденами Красной Звезды и Отечественной войны 2-й степ. С июля 1945 г. по июль 1946 г. нес службу в артиллерийских частях в Молдавии.